红色魔女之森：冒险家来到一片森林继续追赶阿斯兰。红色魔女认识凯蒂和比比，但不敢惹阿斯兰，用废话拖了阿斯兰一阵子，使冒险家追上了阿斯兰。卢克给阿斯兰的命令中说的是“放过冒险家”（卢克爷爷是为你好啊），而阿斯兰的理解是“不想让我浪费时间”，于是无奈之下与冒险家切磋一番，不敌于是又开始跑……在森林的尽头，冒险家和阿斯兰遇到了凯蒂，阿斯兰试图干掉凯蒂，不料惨遭反杀……（PS：红色魔女的形象设定与《创新世纪》之前的罗莉安几乎完全一致）
光明之祭坛、黑暗之祭坛：在卡西利亚斯的帮助下，一行人成功解开了卢克的封印。开始进攻寂静城。冒险家、联合调查团、海岸守备队一起干趴了两个祭坛的守卫者。机械王座：封印已被解除，联合调查团和海岸守备队已经破不接待的想把卢克实验室一锅端了。但卢克实验室中布满了浓烈的黑色噩梦，据卡西利亚斯称，只有受到赫尔德庇佑的冒险家能够进入，但赫尔德光是庇佑冒险家一个人就已经非常吃力了。
根据玩家所选阵营不同，接下来的剧情略有不同：暴戾搜捕团线：冒险家见到卢克，巴恩在冒险家与卢克交涉期间，从背后偷袭，杀死了卢克。
通过手上的戒指吸收了卢克的气息（貌似是黑色噩梦？），吉赛尔通过人造异次元裂缝传送过来，捡走了卢克掉的一个东西之后逃走。艾泽拉表示大意了，不知道什么时候巴恩也被施加了庇护。
联合调查团、冒险家协会线：卢克成功找到过去的力量，变身成了之前的状态。冒险家杀死卢克，巴恩通过戒指吸收了卢克气息。
艾泽拉之死：艾泽拉不见了，冒险家受艾丽卡之托寻找艾泽拉，海岚说有个人去了寂静城，自己暂时没空管，于是麻烦冒险家去看一下。冒险家到了之后却发现艾泽拉已经受伤倒地，奄奄一息。身边都是鹰派的暴戾搜捕团团员在咒骂她。
艾泽拉跟冒险家说了遗言，希望冒险家找到并说服索德罗斯，然后就死了TT巴恩决定单独行动，自称要去看老婆，把联合调查团指挥权交给了海德：——你要把直属部下仍在敌营中，自己离开？——什么叫敌营啊，明明是同盟军。要是被天界人听到可怎么办？（帝国你们要搞大新闻啊！）知道巴恩已经丧妻的冒险家立刻指出巴恩说谎。
艾丽婕的委托：艾丽婕通过梅丽召见了冒险家——由于尤尔根封锁了寂静城战事相关情报，所以艾丽婕毫不知情。在听了冒险家的叙述后，指出海岸守备队去寂静城参战并没有经过皇女同意。（引出尤尔根政变与海岸守备队叛变）（从90级的剧情量看，这么多重量级角色上线，可见在腾讯的IP打造计划的淫威下，Nexon对剧情的重视程度也越来越高了，不过不得不服的一点：这些大牌角色的设定是早在8年前就想好的吗？）
天界政变
在完成艾莉婕的委托任务后，回到根特，会发现小地图中根特皇宫区域已经灰掉了，走进去之后会发现皇女已经不再皇宫中了，只留下一个发髻，点击发髻后触发隐藏任务。(剧情触发后，根特相关NPC的聊天内容会根据剧情变化)
马琳神经兮兮的请求冒险家帮忙，让冒险家去找泽丁了解情况。
泽丁告诉冒险家，天界出现了反叛军试图绑架皇女，但所幸未成功。
她怀疑是贵族指使的，由于反叛军军力比守军要大，所以泽丁希望冒险家能陪同他一起去城外与叛军谈(da)判(jia)。冒险家帮助泽丁在城外击退了叛军首领贝尔塔公爵。
据贝尔塔交代，艾莉婕原本只是一个祭司。而且从艾莉婕即皇女之位后，皇都就进入了战争不断的时期。据泽丁描述，诺斯匹斯（天界北部的一个岛，贵族聚居区）联合帝国散播谣言，说杰克特勾结卡勒特，故意拖延消灭安图恩。让卡勒特有机可乘。
不过话还没说完，叛军就又打过来了。冒险家协助皇都军大尉特米继续与叛军作战。
在战斗中击败了帝国派来的支援部队。随后杰克特赶到，表示根特内的通信已经被切断。
泽丁却很差异这么大的事自己怎么会不知道，于是怀疑守军中有内鬼。同时，杰克特认为目前没有证据能证明叛乱是由尤尔根主导的。
在第三次天界战争之后，根特加强了防御，除北门外都进行了加固，由于北门的敌人主要都是『手执老式武器的帝国军』（拿剑不拿枪还真是对不起啊），所以杰克特判断北门是佯攻，真正目标应该是南门。于是派泽丁去南门防守，委托冒险家去西门通过发射塔呼叫援军。
冒险家和特米来到西门支援受伤的乌恩和只有70级的新人少尉卢卡斯，一行人到达发射塔后，却发现本来应该去支援防守的拉伊尼（第三次天界战争中被冒险家从吉赛尔手里救回）却在这里，发射塔已经被毁，看来拉伊尼就是内鬼了。而后一行人在皇女庭院继续清理叛军。
击败了纳维罗·尤尔根的女儿玛丽安·尤尔根。之后乌恩希望泽丁率残部向叛军投降，避免对平民造成更大的伤害。于是泽丁去南门向叛军投降。
剩余人前去营救皇女和杰克特，途中击败了海岸守备队派来阻击的海克和米乌。找到杰克特后，却发现海岚已经挟持了杰克特。
嘴炮途中还抖出了更大的料：海岚是当年屠杀童子军（和平之翼）的幕后黑手，而且跟杰克特女儿丽贝卡的失踪也有关系（孤寡老人总司令啊TT），只是当时局势需要海岚，所以杰克特将此事掩盖了下去，让乌恩的调查无功而返。
海岚最终等待纳维罗·尤尔根出来救场，这样自己在世人眼里他自己就不像是绑架根特总司令官的主谋了。在奈恩的帮助下，特米和卢卡斯护送皇女抵达了苍穹贵族号。
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