赛丽亚想调查魔法阵，但现在没有关于魔法阵的消息，罗杰推荐了沙兰，去见了莎兰，沙兰一副爱理不理的样子。从爱丽丝的口中得知，这个罗杰对莎兰进行了多次的资本主义欺诈，所以对罗杰没有好感，又因为罗杰推荐冒险家去见沙兰，而沙兰因为对罗杰没有好感，所以对罗杰推荐的人也没有好感。
罗杰得知莎兰对自己没有好感时，决定借这次调查大魔法阵的机会来消除隔阂。
完了爱丽丝请求冒险家登上天空之城最高处调查魔法阵。想要调查更高处，就得需要暗精灵的飞船，而暗精灵因为和帝国军干仗，所以不信任人类。不给用飞艇
经过一番谈论之后冒险家进入黑暗玄廊探索。
在黑暗玄廊中遇到了帝国军团长和副团长还有逗比女骑士雷尼，于是合力探索，发现这个地方空气和下面的层不一样，还发现一小块水晶散发出的黑暗能量和格兰之森的黑暗能量一样，只是小水晶被邪恶气息覆盖。之后遇到了巨剑阿甘左，他感觉到天空之城不寻常的波动也上来调查，他推断巴恩的鬼手和他感知到的波动与大魔法阵有关，或许上层已经发生转移现象。
出来之后阿甘左就发现了水晶的存在，巴恩接过水晶后立刻就与鬼手起了反应，此水晶不一般。之后就带着散发气息的水晶见了索西雅，索西雅见过水晶之后便让赛丽亚准备一些材料，说是可以净化这个水晶，然后冒险家忙前忙后找齐材料净化了水晶。赛丽亚感觉索西雅是精灵族，而精灵族为了保护格兰之森都牺牲了，索西雅是仅存的精灵族，就算为了索西雅，赛丽亚一定要调查出真像。赛丽亚觉得这块净化过后的水晶也许就是大魔法阵的一部分。
这个时候站出来一位叫凯丽的女人（让人又爱又恨啊），凯丽讲述了巴卡尔的故事，绰号暴龙王巴卡尔统治天界数百年，并且切断了天界与下界的路。
阿甘左推断，天空之城的龙人就是阻止两界相互来往的工具，而天空之城之所以现身，可能是巴卡尔魔力耗尽或者和魔法阵产生冲突，所以决定去往
天空之城最高处。
城主宫殿
这里和别处不一样，巴恩一进来手臂就开始酸痛，勉强用斗气压了下去。天空之城某处的力量使这里的空气变的不一样。
调查一圈后只发现一个魔法阵，但这不是大魔法阵，像是人为布置的，这个魔法阵特别厉害，布阵方式古老，对整个天空之城的魔力产生影响，与此同时外面浮现出了一座浮空之城，那座城堡散发着与这个魔法阵相同的魔法流，找到楼梯后，冒险家与阿甘左一同进入浮空之城。
悬空城:这里到处残留着强大魔法的痕迹，赛丽亚猜测这个地方不是由天空之城的魔力催动，而是这里的魔力让天空之城的魔力变质，进而猜测这座城不属于天空之城的一部分，来自于其他地方。往里走动发现一个魔法阵催动着悬空城，时间紧迫，千钧一发，赛丽亚用尽全身力气关闭了这个魔法阵，晕死了过去。
失去了魔法阵支持的悬空城摇摇欲坠，赛丽亚被人送到安全的地方休息，其余人感到最后一个场所有杀气，所以立刻前往。
城主宫殿
再此来到城主宫殿见到了巴卡尔的手下赛格哈特，他奉命驻守这里（大大的忠臣）。原来他为了维护巴卡尔创造的魔法阵从而去破坏大魔法阵，（因为大魔法阵会妨碍巴卡尔的魔法阵）。众人的目的是保护大魔法阵，所以关闭巴卡尔的魔法阵即可，不想伤害赛格哈特，本着善良主义精神对赛格哈特进行了一番却说，无奈赛格哈特油盐不进，只能动杀心，一番打闹之后发现是不死之身，这时候GSD与沙兰赶来了，沙兰给城主看了巴卡尔的遗言，城主看完遗言后就消失在众人视线中。
消灭了赛格哈特，人们以为可以上天界了，莎兰插话，巴卡尔的障碍虽然清除，但是巴卡尔的魔法并没有消失，除非等巴卡尔的魔法自然消失或者他亲自来解除，不然永远也上不去天界。就在这时一个巨大的飞行物飞过来撞了天空之城，从上面掉下一个人，晕死过去。至此天空之城危机解除。GSD露了个面打了个酱油就走了。
奥菲利亚来自天帷巨兽的神殿，是GBL教徒，GBL教的目标是收集和探索全世界所有的知识并且掌握终极的知识，神殿就在巨鲸——天帷巨兽的背上
奥菲利亚来到天空之城是因为教徒们正在遭受使徒罗特斯袭击，被单方面的屠宰。罗特斯的到来打破了原本的宁静与祥和，教徒们被精神攻击，相互残杀。
天帷巨兽：冒险家经过了天空之城一事后，名气大涨，现在天帷巨兽又出现了使徒，所以公国这边自然担心，于是委托冒险家前去天帷巨兽探查情况，
一起行动的还有阿甘左，其实洛巴赫，巴恩。阿甘左、洛巴赫一组，冒险家巴恩一组，一行人乘坐卡坤的飞艇前往了天帷巨兽。
神殿外围：罗特斯在神殿中央，所以一行人先降落到外围慢慢向里探索。神殿外围一战后，发现GBL教徒都被罗特斯洗脑，没有正常人，与其痛苦
的活着，不如安乐死去，冒险家与巴恩解决了那些被洗脑的教徒。
树精从林：树精从林一行后，发现罗特斯想要控制天帷巨兽使得巨兽现在变得非常痛苦，还发现了夜叉这些奇怪的物种，传说是美神维纳斯的诅咒
把暗精灵变成了这种怪物，这种怪物所散发出的力量并不是使徒的力量。通过树精后就离神殿不远了，但是前面散发出的力量跟家危险。
炼狱：在这里遇到了一位没有受到使徒精神攻击的教徒，此人信奉女神，已经痴呆了，从他口中得知罗特斯虽然为使徒，但是离开水后屁都不是，
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