钦察汗国初建的时候，拔都有一个弟弟叫昔班，他的封地被称为蓝帐汗国，阿布海尔就是他的后代，阿布海尔有个孙子叫昔班尼。阿布海尔一次征战时战死，昔班尼只得投奔东察合台的马哈木，也就是赛义德的伯父。
马哈木帮助昔班尼收拾残部，重整军马，昔班尼利用帖木儿帝国内讧之机，打败卜撒因的孙子巴布尔汗，占领萨马尔罕城，后来昔班尼攻占呼罗珊、占据赫拉特，整個河中地区与呼罗珊地区都归于他手，贴木儿王朝被终结，在原疆域上，一个昔班尼汗国建立。
昔班尼带来的人，当时被称为月即别人，或乌兹别克人。乌兹别克这个称呼，源于金帐汗国时的乌兹别克汗，元史称他为月即别。金帐汗国曾十分强盛，其咸海以北，不同来源的游牧民，统被称为乌兹别克人。
昔班尼祖父阿布海尔建立的汗国，就被称为乌兹别克，也用乌兹别克指代其汗国境内大多数突厥语系居民。
曾经被赛义德伯父马哈木收留并结盟的昔班尼，实力强大后反而灭了马哈木兄弟人马，然后把帖木儿帝国给干没了。
赛义德这个逃跑小王子也知道自己根本不是其对手，卷了些帖木儿国残余人马，主动放弃了安延集，带着人马向东而行。
赛义德打不过昔班尼，但对付察合台东部老家的那些首领们，却是绰绰有余，此时天山南部的首领们残暴，早就内部矛盾重重，局势不稳，他带着四千余人马，各个击破，先取英吉沙，再夺叶尔羌。
赛义德在叶尔羌建立起自己的汗国，被称为叶尔羌汗国，而他的兄长满速儿汗早因不敌昔班尼而退到了吐*番一带。
当时是正德年间。
东察合台汗国虽然因为马哈木被昔班尼攻灭，使的只剩下东部，可赛义德的称汗，又使的东察合台再次分为东西两部。
可叶尔羌建立后，赛义德汗在完成对天山南部诸地的统一后，却并没有向东部拓展，攻灭其兄长的意思，反而派人主动联络，希望双方友好相处。
满速儿汗实力不及弟弟，也只得默认其对天山南部各城统治，双方在阿克苏和库车之间的阿尔巴特会盟，赛义德表示会以满速儿汗的名字铸钱以示臣服，而满速儿汗则不追究赛义德以往，承认现状。
不过实际上东察合台仍处于分裂状态，当时的情况，只不过是满速儿实力不够，打不过弟弟。而赛义德多年逃亡生活，好不容易攒点本钱，却仍受到昔班尼的极大威胁，这时也不敢再跟哥哥内斗，只想闷声埋头发展壮大。
此次会盟后，兄弟俩各率人马，开始对周边地区进行征伐，以拓展自己势力范围，加强实力。
他们兄弟俩都打着战之名，满速儿汗因为西征无路，就只好向东征服，跟明朝争夺哈密地区的控制权，此时明朝无暇西顾，于是嘉裕关以西，哈密和关西七卫之地尽为满速儿汗所夺。
而赛义德则率部占据了天山北部的草原地带，后来乘昔班尼汗去世，汗国动荡之机，率军西征，连夺诸城，之后又以战之名，向西南方向扩张，吞并了克*米尔、拉达克等地，甚至还派兵去攻打喇萨。
嘉靖十二年，这位逃跑能手，到晚年也终于成了天山一霸，拳打天山南北，脚踢葱岭东西，还带着远征军跑去打喇萨，结果因年纪大了，高原反应严重，最后在赶到喇萨城下前就死掉了。
其子阿不都·拉什德继位，满速儿汗闻讯，终于有胆子发兵西征，结果却失败而归。
满速汗抑郁而终，长子继位，汗国东西两地再次开始陷入长时间的攻伐动荡之中。
阿不都·拉什德为巩固个人统治，上台之初，就大肆捕杀老臣宿将，还竭力削弱都格拉特埃米尔的权力，对外则联盟昔班尼人来对付哈萨克人，并数次将他们击败，同时，西征安延集、东讨吐*番，战争不断。
也算是个天山小霸王。
他死后，儿子阿不都·哈林继承汗位，虽然汗国实力强劲，可这位汗王能力平庸，不能服众。
东部吐*番沙汗也是统治日渐衰弱，后来北征瓦剌时，沙汗死于流矢，沙汗的叔伯弟檀速马速继位，叶尔羌的阿不都、哈林不满，派他的弟弟们出兵攻占吐*番，俘虏了速檀马速汗。
哈林立自己弟弟马黑麻速檀为吐*番总督，算是正式统一了东察合台，同年，马黑麻速檀还以吐*番王的名义遣使大明朝贡，正式让大明与叶尔羌建立联系。
哈林死后，其弟吐*番总督入继大统，在任时，也将其弟阿都剌因派驻吐*番为总督，又分其诸子孙镇守各地，从而建立起自己家族统治。
不过在其死后，其子阿黑麻速檀继承汗位后，形势却急剧逆转，因为阿黑麻速檀并非长子，与蒙古传统的长者为汗原则相背离，汗国开始动荡。
在此期间，东部的阿都剌因火中取栗，向西扩张，夺取了焉耆等地实际控制权，公开称汗，与侄子对峙。
此后王族大乱斗，在各地担任总督的王族们你攻我伐，上演了一出叶尔羌汗国的八王之乱。
六十年间换了九汗，在位最短的一位汗只当了九天，还有一位汗在被赶下汗位后，时隔三年还上演了一出王者归来，夺回汗位，又当了三年。
叶尔羌汗廷内乱不止，反倒是东部的阿都剌因趁这机会安心发展，他加强与明朝的友好往来，使的西部如水火，东部却欣欣向荣，在位四十年，使的东部实力大增。
崇祯八年，阿都剌因去世，其长子阿不都拉哈汗继位，利用其父四十年积聚，率兵西征，攻克阿克苏，再占领了叶尔羌等重镇，重新统一汗国，然后还北上打败了瓦剌人的进攻，并向西部发兵远征并大获全胜，摆脱了长期受吉利吉斯人控制的局面。
他在位期间，利用苏菲派渗透影响大明的河西走廊，发展贸易同时，保证东边安稳，然后全力与卫拉特蒙古等斗争，甚至数次西征安延集等。
在位十五年，叶尔羌有中兴之势。
不过虽然表面一统汗国，但汗国不仅是王族内斗严重，而且早就陷入了严重的教派斗争中。
早在阿布都里木汗时期，苏菲派开始进入叶尔羌，阿布都里木汗之子马黑麻汗继位后，黑山派和卓受到汗王大力支持，在叶尔羌迅速发展，随后，白山派也进入叶尔羌。
两派矛盾尖锐，甚至发生血腥厮杀。
白山派与黑山派本是同族、同宗、同教，只是由于所属派的不同、观点的差异，长期处于对立状态。两派由争夺教权开始逐渐转变为政治斗争，白山派与黑山派的创立者都是来自中亚的纳合西班底耶教团的教*玛合图木·阿杂木和卓的后代。
随着和卓势力的崛起，两派在叶尔羌汗国内发挥着重要作用，并在世俗统治者地支持与扶植下，不断发展壮大，逐渐成为一股影响汗国政局的强大政治势力。
玛合图木·阿杂木及其和卓家族的兴起，对叶尔羌汗国政治格局产生了很大的影响。随着两派斗争的不断加剧，叶尔羌汗国的政教关系也变得更复杂。
起初，叶尔羌汗国需要利用*教的特殊作用，维护和巩固自己的统治地位。随着势力的增强，汗廷逐渐被伊势力左右。
在叶尔羌汗国建立之前的很长一段时间里，伊教在天山的控制权都集中在额什丁和卓家族的手中。其家族由于劝导秃黑鲁·帖木儿汗皈依有功，一直操纵着汗国内的各种教事务，额什丁家族势力得到较快发展。
叶尔羌伊教制度就是导师制，汗廷用这种制度和伊上层建立起彼此联系，有声望的导师往往又是伊教首领，不仅能吸引众多教众，而且在世俗统治者中也有极大的影响力。
说到底，就是叶尔羌汗国统治者与伊上层的各取所需。
叶尔羌实行瓦合甫土地制度，也为和卓势力的兴趣奠定了物质基础，发展到后期，大量的土地和财富都集中到了伊与和卓手里。
他们有声望有地位还有财富，可以说已经为推翻取代叶尔羌汗王的统治奠定了基础，有能力建立起正叫合一的国家。
叶尔羌严重的内讧动荡，本就是这些和卓们把持朝政、操纵世俗正权导致的，时局越动荡，又反过来为他们夺权谋利提供更大便利，于是乎恶性循环。
到现在，叶尔羌境内的大小和卓们，已经可以说是凌驾在汗王之上的中叫封建主兼世俗封建主，他们的目标明显有几分想学喇萨那些喇嘛们，想建立家族、****的和卓正全。
现在叶尔羌汗国里，虽然是来自东部的总督统一了汗国，但和卓们的势力已经极为强大，神王合一的诸侯领主。
阿不都拉哈汗虽然统一了汗国，把西部嫡系那些族人干翻征服，但和卓们却没受什么影响。
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